Le virus du fruit rugueux brun de la tomate, le ToBRFV, a été détecté dans 50 des 100 tomates prélevées entre mai et juin 2025 sur sept marchés du Souss-Massa, premier bassin de production de tomates du Maroc. L’étude, conduite par l’Institut national de la recherche agronomique (INRA) depuis son centre régional d’Inezgane et publiée le 17 septembre 2026 dans la revue scientifique Viruses, conclut que le virus est entré dans le pays par un petit nombre d’introductions, et rapproche les souches marocaines de celles d’Israël, de Jordanie et d’Italie.
Le chiffre de 50 sur 100 ne dit pas qu’une tomate sur deux vendue dans la région est malade. Les chercheurs ont choisi des fruits à la maturation irrégulière, porteurs de symptômes compatibles avec le virus, dans un à trois commerces par marché. Ce que l’échantillon établit est autre chose : le virus est présent jusque dans les circuits de vente, sur des marchés installés près des zones de culture, dont deux dans la ville d’Agadir. D’un site à l’autre, le nombre de fruits positifs va de un à vingt et un.
Un virus qui voyage avec les mains et les semences
Le ToBRFV s’attaque à la tomate, au poivron et au piment. Depuis sa première détection en Jordanie en 2015, il a été signalé dans plus de quarante pays. Au Maroc, sa présence a été rapportée pour la première fois en octobre 2021, dans le Souss-Massa. Il se transmet par simple contact : la taille, la récolte, les outils, les cagettes, les vêtements des ouvriers, l’eau et le sol peuvent le déplacer d’une serre à l’autre. Sur de longues distances, il circule surtout par les semences et les plants contaminés.
Les feuilles atteintes se couvrent de mosaïques et se déforment, les fruits portent des taches jaunes ou brunes et une peau rugueuse, d’où son nom. Une tomate marquée se vend mal. Le virus a une autre particularité, qui inquiète les producteurs : il contourne la résistance apportée par le gène Tm-2², celui qu’utilisent la plupart des variétés commerciales pour se protéger des virus de cette famille.
Peu de souches, plusieurs portes d’entrée
L’équipe a obtenu 38 séquences génétiques à partir des fruits positifs. Elles sont presque identiques entre elles, à plus de 99 %, ce qui correspond à la faible diversité du virus dans le monde. Les chercheurs y distinguent pourtant 27 profils génétiques, regroupés en quatre ensembles, et une nette structuration géographique : les souches se regroupent selon les lieux de prélèvement. L’étude avance que la géographie, combinée aux pratiques agricoles, façonne cette répartition.
La majorité des séquences marocaines est proche des premières souches du Moyen-Orient. Deux autres se rapprochent d’isolats italiens, ce qui pourrait signaler une deuxième voie d’introduction. La méthode a ses limites, et l’étude les écrit : la parenté génétique ne dit pas par quel chemin le virus est arrivé, ni par quel pays il a transité. Les fruits importés restent une voie jugée peu probable. Les semences et les plants sont les suspects habituels.
Les chercheurs ont aussi repéré, dans certaines séquences, une mutation baptisée E132K, située sur la protéine qui permet au virus de passer d’une cellule à l’autre. Elle se trouve près des points qui servent au virus à échapper à la résistance des variétés. Rien n’indique à ce stade qu’elle le rende plus agressif ou plus transmissible : des essais en laboratoire seront nécessaires pour le savoir.
Une base pour surveiller la filière
L’étude porte la signature d’Ayoub Maachi, chercheur au centre régional de l’INRA à Inezgane, aux portes d’Agadir, avec Livia Donaire et Miguel A. Aranda, du Centre d’édaphologie et de biologie appliquée du Segura (CEBAS-CSIC), à Murcie, en Espagne. C’est la première description de la diversité génétique du virus au Maroc, cinq ans après sa détection.
Ses auteurs la présentent comme un point de départ. Ils demandent d’élargir les prélèvements aux autres régions productrices, aux semences, aux plants, aux serres et aux fruits sans symptômes, et de suivre régulièrement le génome du virus pour repérer tôt un nouveau variant capable de déjouer les résistances. Pour le Souss-Massa, qui produit pour le marché national comme pour l’exportation, l’enjeu est la qualité des fruits et la sécurité sanitaire des échanges de semences. Un virus installé dans une exploitation est difficile à en déloger.
L’étude complète est en libre accès : « Geographic Structuring of the Tomato Brown Rugose Fruit Virus Populations in Morocco », Viruses, 17 septembre 2026.
Œil d’Afrique
